EasyMD一键式分子动力学模拟平台

在百度搜索页面搜索关键词“easymd”，选择搜索结果中的“EasyMD快捷模拟-分子动力学模拟”。

第1步：百度搜索easymd，点击对应“EasyMD快捷模拟-分子动力学模拟”链接进入网站。

第2步：进入主页

2.1 点击“一键提交分子动力学模拟任务”进入控制台页面

2.2 点击“登录/注册”，使用手机号注册用户

2.3 左上角的的菜单对应着模拟的提交与结果的分析

【重要！！！】模拟的蛋白与小分子需要是已经进行分子对接后的文件

【重要！！！】模拟的蛋白与小分子需要是已经进行分子对接后的文件

【重要！！！】模拟的蛋白与小分子需要是已经进行分子对接后的文件

上传的复合物有两种方式：小分子与蛋白作为一个整体文件上传、二者分开上传。

1.1 小分子与蛋白作为一个整体文件上传：在网页的蛋白文件一栏选择本地的复合物文件，小分子一栏不用管。

1.2 小分子与蛋白分开上传：在本地将对接将蛋白文件与小分子文件分开，蛋白文件为pdb格式，小分子文件为mol2、sdf、pdb等格式均可，在网页的蛋白文件一栏，上传蛋白文件，在小分子/肽文件一栏，上传小分子文件。

上传小分子与蛋白文件，填写模拟任务名称，以区分自己提交的各项模拟，选择模拟时长（默认100 ns）、力场（模拟人AMBER14SB），最后点击 “提交”。

模拟提交后，后台服务器需要时间进行预处理，此时请耐心等待（通常为几个小时）。服务器预处理结束后即可开始模拟，可在结果分析页面中点击 “查看”， 实时查看模拟结果。在结果页面中，也会显示预计模拟结束的时间。

模拟结束后，在结果分析中点击 “查看”（备注：目前仅仅支持查看其中的部分图，更多数据）。

均方根偏差(Root mean square deviation, RMSD)表示某一时刻的构象与目标构象所有原子偏差的加和，是衡量体系是否稳定的重要依据。

回转半径（Radius of Gyration, Rg）可以用来描述整体结构的变化情况，可用于表征蛋白质结构的紧密程度，Rg变化越大表明体系越膨胀。

均方根涨落（Root mean square fluctuation, RMSF）可以表示蛋白质中氨基酸残基的柔性大小。

通过分析蛋白质心与小分子质心之间的距离，获知小分子与蛋白之间的结合状态。

小分子包埋在蛋白中的包埋面积（Buried SASA）可反映小分子结合蛋白的结合界面的大小，通过分析包埋面积可获知小分子与蛋白的结合状态。

将小分子与蛋白的模拟构象叠合，可获知小分子在蛋白中的构象信息。

氢键是相互作用是蛋白与配体结合的一个重要作用力。氢键与静电相互作用有关，可反映静电相互作用的强弱。

分析小分子与蛋白之间形成的氢键对及其形成频率，获知蛋白中与小分子形成氢键的残基及氢键的稳定性。

计算复合物小分子与蛋白之间的结合能变化，分析二者的结合状态。

分析各氨基酸对整体小分子与蛋白结合能的贡献，评价蛋白中的对小分子结合发挥重要作用的氨基酸。

选取合适的构象，分析小分子与蛋白之间相互作用力。

对轨迹进行主成分分析，获知模拟轨迹的主要信息。

通过分析蛋白的B-Factor，获知蛋白中氨基酸的热运动信息。

通过分析蛋白的FEL及其能量井，获知蛋白或肽的构象变化信息。